Protein - Protein Etkileşimi Tespit Yöntemleri, Veri Tabanları ve Veri Güvenilirliği
Yazarlar (2)
Bursa Teknik Üniversitesi, Türkiye
Prof. Dr. Murat GÖK
Yalova Üniversitesi, Türkiye
| Makale Türü |
Özgün Makale
|
| Makale Alt Türü | Diğer hakemli uluslarası dergilerde yayınlanan tam makale |
| Dergi Adı | Europan Journal of Science and Technology |
| Dergi ISSN | 2148-2683 |
| Dergi Tarandığı Indeksler | TR DİZİN |
| Makale Dili | Türkçe |
| Basım Tarihi | 01-2020 |
| Sayı | 19 |
| Sayfalar | 722 / 733 |
| DOI Numarası | 10.31590/ejosat.724390 |
| Makale Linki | http://dx.doi.org/10.31590/ejosat.724390 |
| Özet |
| Önemli biyolojik aktiviteler tek bir molekülün sonucu değil, birbirleriyle etkileşime giren çoklu moleküllerin etkilerinin ürünü olarakortaya çıkmaktadır. Protein-protein etkileşimlerinin belirlenmesi, ilgili proteinlere ait fonksiyonların tespit edilmesi için önemli bilgisağlamaktadır. Genlerin ve proteinlerin büyük bir çoğunluğu işlevlerini birbirleriyle etkileşimleri sonucunda oluşturmaktadırlar.Protein-protein etkileşimlerini incelemek için çok sayıda yöntem geliştirilmiştir. Etkileşimlerin tespitinde in vitro, in vivo ve in silikoolarak adlandırılan 3 temel yaklaşım bulunmaktadır. In vitro ve in vivo yöntemlerin maliyet, zaman gibi sınırlamaları bulunur. İnsiliko yöntemler deneysel yönlendirme ile maliyet ve zaman kazancı için geliştirilmiştir. Yöntemler sonucunda oluşan veri setlerigürültülüdür, çok sayıda yanlış pozitif ve yanlış negatif değerler içermektedirler. Protein etkileşim tespit yöntemlerindeki gelişmelerhastalıkların tespit edilmesi, model organizmalara ait yolakların ve protein komplekslerinin belirlenmesi gibi birçok alana doğrudanetki etmektedir. Yapılan çalışmalar sonucunda tespit edilen etkileşimler veri tabanlarında saklanmakta ve ücretsiz olarakerişilebilmektedir. Metotların hızlanması ile tespit edilen etkileşim sayısındaki artış, elde edilen bu verilerin analiz edilmesini, bir veyabirden fazla metot ile sağlanmasını ve doğruluğunun belirlenmesini önemli hale getirmektedir. Bu çalışmada protein-protein etkileşimtespitinde kullanılan in vitro, in vivo ve in siliko yöntemler ve protein-protein etkileşim veri tabanları incelenmektedir. Tespityöntemlerinin artıları ve eksileri araştırılmış ve yöntemlerin avantaj ve dezavantajları paylaşılmıştır. Veri tabanlarının içerdiği bilgilerkarşılaştırılmış, benzerlik oranları ve sebepleri araştırılmıştır. |
| Anahtar Kelimeler |
BM Sürdürülebilir Kalkınma Amaçları
| Atıf Sayıları | |
| TRDizin | 2 |